和風ましらに

機械学習とか勉強したことを書き認めるブログ

遺伝子

「生命情報向けの機械学習」を触ってみた

「生命情報向けの機械学習入門」という内容で、生物×機械学習という分野でコンテンツを作られている方のgitを見つけて色々触ってみたので、書き留めておきます。 github.com 「4章 : 配列を解析する深層学習」という内容を触ってみました。 内容としては、以…

ゲノムに畳み込みニューラルネットワーク(CNN)を使用し表現型を予測する

やったこと 小麦の遺伝子の情報から表現型を予測するという論文を読んでみました。 DeepGS: Predicting phenotypes from genotypes using Deep Learning という論文です。twitterでいい感じの論文ないかなと思って探してたら、ちょうどいいのを見つけました…

論文読み - IBD(潰瘍性大腸炎やクローン病の原因について)その2

1回目のやつで、IBDの遺伝的要因について軽く見てみたやつの続きです。 nissyl.hatenablog.com ということで、引き続き自分が読んだ後の思い出す用メモです。 1報目 「Twin study indicates loss of interaction between microbiota and mucosa of patients …

論文読み - IBD(潰瘍性大腸炎やクローン病の原因について)

今回は生命科学系の論文を読んでみました。 参考にしたのは、Epidemiology and risk factors for IBDというレビューです。 とりあえず、 一旦、IBDの全体感を掴みたかったので、この論文を選びました。 以下、自分で思い出す用のメモで書いたものです。 論文…