やったこと 小麦の遺伝子の情報から表現型を予測するという論文を読んでみました。 DeepGS: Predicting phenotypes from genotypes using Deep Learning という論文です。twitterでいい感じの論文ないかなと思って探してたら、ちょうどいいのを見つけました…

pandasでビニング処理（ビン分割）を行うにはcut関数、またはqcut関数を使用。 それぞれ、 cut関数は、最小値と最大値から、等間隔に切ってビン分割するのに対して、 qcut関数は、ビンの中の値の数を揃えてビン分割するという違いがある。 cut関数 第一引数x…

前回まとめた関数以外に、よく使う関数の一覧 nissyl.hatenablog.com 値の並び替え sort_values関数 DataFrame内のカラムの値に基づいて、並び順をソートする。 defaultは昇順。降順にする場合は、"ascending = False"にする。 (例) df.sort_values('petal_l…

1回目のやつで、IBDの遺伝的要因について軽く見てみたやつの続きです。 nissyl.hatenablog.com ということで、引き続き自分が読んだ後の思い出す用メモです。 1報目 「Twin study indicates loss of interaction between microbiota and mucosa of patients …

今回は生命科学系の論文を読んでみました。 参考にしたのは、Epidemiology and risk factors for IBDというレビューです。 とりあえず、 一旦、IBDの全体感を掴みたかったので、この論文を選びました。 以下、自分で思い出す用のメモで書いたものです。 論文…

前回のNumpyの使い方に引き続き、 nissyl.hatenablog.com 今回はPandas関数で、集計する際によく使う「groupby関数」「pivot_table関数」について整理。 Irisのデータセットを使って、色々触っていきます。 データ準備 [in] import sklearn,seaborn as sns i…