論文読み - IBD(潰瘍性大腸炎やクローン病の原因について)
今回は生命科学系の論文を読んでみました。
参考にしたのは、Epidemiology and risk factors for IBDというレビューです。
とりあえず、 一旦、IBDの全体感を掴みたかったので、この論文を選びました。
以下、自分で思い出す用のメモで書いたものです。 論文内で、大きく原因を以下のように分けて考察しています。
- 遺伝要因
- 腸内細菌叢
環境の要因として以下の3つ
- 喫煙
- 盲腸切除
- 公衆衛生
病原菌の感染と抗生物質
- 薬剤投与
食事の要因として以下の4つ
- 食物繊維
- 脂質
- ビタミン
- 亜鉛と鉄分
ライフスタイルの要因として以下の3つ
- ストレス
- 睡眠
- 運動
とりあえず、遺伝子的な要因でいくと、
IBDの研究は、双子の病気の発症率の違いに着目して当初発展したみたいです。
クローン病を発症した双子で、一卵性双生児の一致率は20-50%であるのに対して、二卵性双生児の一致率は10%。
潰瘍性大腸炎の場合は、一卵性双生児では16%、二卵性双生児では4%と考えられ、 潰瘍性大腸炎よりクローン病のほうが、遺伝要因は強いみたいです。
次に遺伝子の話してます。
結論だけ述べると、
って感じで、 「この文章以外の論文読んでねー」 で参考文献残して、終わってます。
まぁ、遺伝子の相乗効果が関与しているのは分かっていた話ですけど、 何を持って相乗効果というのが厳密に議論しにくそうですね。
ただ解析手法の問題なので、ブースティング系のアルゴリズム(例えばLightGBM)とかを使ってモデリングし、特徴量のimportanceを見れば相乗効果はうまく議論できる気がします。